Trong vụ án này, bị cáo Mai Thị Hồng Hạnh (giám đốc kiêm chủ tịch hội đồng thành viên Công ty Xuyên Việt Oil) bị truy tố về các tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí và đưa hối lộ; Lê Đức Thọ (cựu bí thư Tỉnh ủy Bến Tre) bị truy tố về tội nhận hối lộ và lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi; Đỗ Thắng Hải (cựu Thứ trưởng Bộ Công Thương), Lê Duy Minh (cựu Giám đốc Sở Tài chính TP.HCM), Nguyễn Lộc An và Hoàng Anh Tuấn (cựu Phó vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước, Bộ Công Thương), Trần Duy Đông (cựu Vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước) và Đặng Công Khôi (Phó Cục trưởng Cục quản lý giá, Bộ Tài chính) cùng bị truy tố về tội nhận hối lộ. 

7 bị cáo còn lại bị truy tố về các tội đưa hối lộ, vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí.

Theo cáo trạng Mai Thị Hồng Hạnh và đồng phạm đã vi phạm các quy định pháp luật liên quan và gây thất thoát hơn 219 tỉ đồng trong việc quản lý, sử dụng Quỹ bình ổn giá xăng dầu. Ngoài ra Hạnh đã vi phạm các quy định pháp luật, cố ý không chuyển nộp số tiền thuế vào ngân sách nhà nước mà sử dụng vào mục đích cá nhân và mất khả năng hoàn trả lại cho ngân sách. Hành vi này của bị cáo Hạnh gây thất thoát ngân sách 1.244 tỉ đồng.

Quá trình xin giấy phép và Xuyên Việt Oil bị kiểm tra, để che giấu vi phạm, bị cáo Hạnh đã đưa hối lộ 22 lần cho nhiều cựu cán bộ thuộc Bộ Công Thương, Bộ Tài chính, Cục Thuế TP.HCM và bị cáo Lê Đức Thọ (cựu bí thư Tỉnh ủy Bến Tre) với tổng số tiền 31,5 tỉ đồng.