Theo đề xuất, từ TPHCM đi sân bay Long Thành (huyện Long Thành, tỉnh Đồng Nai) có nhiều lợi thế về đường sông do hành trình nằm dọc tuyến sông Sài Gòn và Đồng Nai, nơi đã có nhiều bến, nhiều cảng đang hoạt động.

Vì thế Sở Giao thông- Vận tải TPHCM đã đề xuất 3 tuyến đường thuỷ được triển khai xây dựng để vận chuyển hành khách từ TPHCM tới sân bay Long Thành và ngược lại. Cụ thể:

Tuyến Bạch Đằng – Swan Bay: Hành khách sẽ khởi hành từ bến Bạch Đằng (Quận 1, TPHCM) bằng tàu cao tốc đi tới bến du thuyền Swan Bay (huyện Nhơn Trạch, Đồng Nai). Sau đó, từ bến du thuyền Swan Bay du khách sẽ đi đường bộ theo các trục đường có sẵn để tới sân bay Long Thành với thời gian khoảng 15 phút.

Tuyến Nhà Bè – Nhơn Trạch: TPHCM và Đồng Nai sẽ nâng cấp hai đầu bến Phú Xuân – Phước Khánh trên sông Soài Rạp và tăng các phương tiện vận chuyển hai bờ sông để mở rộng kết nối từ khu vực Nhà Bè (TPHCM) sang huyện Nhơn Trạch (Đồng Nai). Sau khi qua sông, hành khách có thể theo tuyến Phạm Thái Bường (Nhơn Trạch, Đồng Nai) để tới đến sân bay Long Thành. Thời gian di chuyển 40 phút tới 45 phút.

Tuyến Cát Lái – Nhơn Trạch: TPHCM và Đồng Nai sẽ mở rộng, tăng công suất khai thác tại bến phà Cát Lái nối TP.Thủ Đức (TPHCM) và huyện Nhơn Trạch (Đồng Nai). Hành khách sau khi qua phà sẽ đi theo tuyến đường bộ hiện hữu DT 769 để tới sân bay Long Thành với thời gian khoảng 60 phút.

Sở Giao thông- Vận tải TPHCM cho biết, hiện Sở đang cùng với các đơn vị liên quan rà soát, đánh giá hiện trạng hạ tầng luồng, tuyến, bến cảng, bến thủy nội địa, phương tiện vận chuyển thủy nội địa để có thể triển khai sớm nhằm đáp ứng nhu cầu vận chuyển của hành khách ngay sau khi sân bay Long Thành được đưa vào sử dụng.