Bị cáo Phạm Chí Dũng, sinh năm 1966 tại Hà Nội, cư trú tại quận Tân Bình, thành phố Hồ Chí Minh được xác định là chủ mưu vụ án, là người thành lập "Hội nhà báo độc lập Việt Nam" để lôi kéo các đối tượng tham gia tuyên truyền, xuyên tạc đường lối của Đảng, chính sách của Nhà nước.

Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hồ Chí Minh, từ năm 2014 đến khi bị bắt, Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy, sinh năm 1950 tại Nam Định, cư trú tại Hà Nội và Lê Hữu Minh Tuấn, sinh năm 1989 tại Đắk Lắk, cư trú tại Quảng Nam thường xuyên tiếp xúc các đối tượng, tổ chức có tư tưởng bất mãn về chính trị trong và ngoài nước. Từ đó, Dũng nảy sinh tư tưởng bất mãn với chính quyền nên đã khởi xướng thành lập một tổ chức có tên là “Hội nhà báo độc lập Việt Nam"; lập trang web, blog "Việt Nam Thời Báo” nhằm tuyên truyền, xuyên tạc, đường lối chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước.

Sau khi thành lập Hội, Phạm Chí Dũng giữ vai trò Chủ tịch hội, Nguyễn Tường Thụy làm Phó Chủ tịch còn Lê Hữu Minh Tuấn làm quản trị trang web. Ba bị cáo này cùng một số đối tượng khác viết bài, trả lời phỏng vấn, đăng tải công khai hàng ngàn bài viết lên trang web, blog “Việt Nam Thời Báo" của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam,” riêng Dũng là khoảng 1.530 tin bài.

Qua giám định, cơ quan chức năng xác định có 25 bài viết của Phạm Chí Dũng, 5 bài viết của Nguyễn Tường Thụy và 6 bài viết của Lê Hữu Minh Tuấn có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân, bịa đặt, xâm phạm uy tín của Đảng Cộng sản Việt Nam, chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.

Ngoài ra, Phạm Chí Dũng còn tạo lập quan hệ, ký kết hợp đồng viết bài, trả lời phỏng vấn với các trang tin điện tử, các cơ quan truyền thông nước ngoài với mục đích nhằm "đấu tranh" làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam. Ngày 21/11/2019, cơ quan An ninh điều tra, Công an thành phố Hồ Chí Minh bắt giữ Phạm Chí Dũng và mở rộng điều tra; Nguyễn Tường Thụy bị bắt giữ vào ngày 23/5/2020, Minh Tuấn bị bắt vào ngày 12/6/2020. Tới ngày 15/10/2020, cơ quan An ninh điều tra, Công an thành phố Hồ Chí Minh  hoàn tất kết luận điều tra.

Viện Kiểm sát nhận định hành vi chống phá Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam như trên của các bị cáo là đặc biệt nghiêm trọng, gây nguy hiểm cho xã hội, nếu không được ngăn chặn kịp thời sẽ gây phương hại đến an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội. Hành vi này đã tiếp tay cho các phần tử bất mãn, cơ hội chính trị, làm xói mòn lòng tin của nhân dân đối với Đảng và Nhà nước, gây hoang mang trong dư luận quần chúng, gây chia rẽ mất đoàn kết trong nội bộ Đảng và Nhà nước. Phiên tòa xét xử công khai, dự kiến diễn ra trong vòng 1 ngày.