Chưa có giáo viên dạy chuyên biệt về môn tích hợp, chính vì thế hiện nay nhiều giáo viên vẫn đang tiến hành việc dạy tích hợp riêng rẽ như hai môn độc lập. Điều này cũng khiến cho việc đánh giá , kiểm tra cuối kỳ gặp khó khăn khi giáo viên không rõ sẽ lấy điểm đánh giá ở môn nào ? Việc sắp xếp thời khóa biểu cũng gặp những chồng chéo do thiếu giáo viên.

Đây là năm đầu tiên triển khai dạy tích hợp , năm sau môn tích hợp sẽ tiếp tục được triển khai ở lớp 7 và 10. Tuy nhiên cho đến thời điểm này, việc dạy tích hợp vẫn đang được tiến hành riêng rẽ đơn môn, theo tinh thần linh hoạt từng địa phương.

Nếu Bộ Giáo dục và đào tạo không có giải pháp đồng bộ thì khi triển khai ở lớp 7 và lớp 10 nhiều trường sẽ quá tải , giải pháp cũng chỉ biết bồi dưỡng giáo viên chạy đuổi sao cho kịp lộ trình mà Bộ đưa ra.