Bên cạnh những đóng góp tích cực, quá trình phát triển công nghiệp nói chung và hệ thống các KCN nói riêng ở Việt Nam đang tạo ra nhiều thách thức lớn về ô nhiễm môi trường do chất thải rắn, nước thải và khí thải công nghiệp. Mỗi năm Việt Nam cũng thiệt hại hàng trăm triệu USD trong các lĩnh vực sức khỏe cộng đồng vì ô nhiễm môi trường.

Ðể từng bước khắc phục tình trạng nói trên, cần phát huy hơn nữa vai trò của các cấp chính quyền, các tổ chức chính trị - xã hội, đoàn thể và cộng đồng dân cư trong việc giám sát thực thi chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường tại các địa phương.