Báo cáo của Uỷ ban Tài chính - Ngân sách (cơ quan thẩm tra dự án luật) đã nêu nhiều vấn đề còn có ý kiến khác nhau giữa cơ quan thẩm tra và cơ quan soạn thảo. Một trong số đó là việc cần bổ sung quy định để giải quyết chồng chéo giữa thanh tra chuyên ngành của các Bộ, ngành và Kiểm toán Nhà nước. Đây là vấn đề trọng tâm đặt ra yêu cầu sửa Luật Kiểm toán Nhà nước, tuy nhiên các quy định trong dự thảo luật còn chung chung, chưa giải quyết được vấn đề thực tiễn đặt ra.. Nêu ý kiến về vấn đề này một số đại biểu cho rằng cần phải làm rõ vai trò điều phối khi xảy ra việc chồng chéo.

Ông Nguyễn Khắc Định, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội phát biểu: Cần quy định theo hướng là 2 bên phải phối hợp chặt chẽ với nhau trong việc xây dựng các kế hoạch chương trình kiểm toán, thanh tra, kiểm tra, bảo đảm tránh chùng lắp, chồng chéo, tránh làm ảnh hưởng đến các hoạt động bình thường của đối tượng đươc kiểm toán, được thanh tra kiểm tra, nhưng khi có xung đột 2 bên về kế hoạch này thì phải có cái người điều phối.

Cũng liên quan đến vấn đề này Phó Chủ tịch Quốc hội Uông Chu Lưu nhấn mạnh, để giải quyết sự chồng chéo thì Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ phải bám sát kế hoạch kiểm toán hàng năm.

Phó Chủ tịch Quốc hội Uông Chu Lưu khẳng định: Bây giờ kế hoạch kiểm toán hàng năm là phải báo cáo với Thường vụ Quốc hội và Quốc hội quyết định, thì trong cái báo cáo kế hoạch đó là ta phải định rõ thì cái gì nằm trong đây rồi thì 1 bên không làm, cùng một chủ thể cùng 1 đối tượng thì không nên làm nữa, tôi nghĩ cái cách tiếp cận và xử lý vấn đề như vậy thì tránh được sự chồng chéo.

Cũng tại phiên thảo luận, nhiều vấn đề còn ý kiến khác nhau như việc bổ sung các nội dung liên quan đến Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật, Luật Xử lý vi phạm hành chính, Luật Giám định tư pháp; quy định về cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động kiểm toán; việc bổ sung quy định để giám sát hoạt động của KTNN cũng đã được các đại biểu quan tâm cho ý kiến.